Semua pelajar MRSM Tun Mustapha diwajibkan untuk menyertai aktiviti Ko-kurikulum. Pelajar perlu mendaftar untuk Badan Beruniform, Kelab & Persatuan dan Sukan & Permainan sebagai aktiviti luar kelas. Penyertaan pelajar di dalam badan beruniform, kelab dan sukan adalah merupakan salah satu syarat untuk bergraduasi dari sistem pendidikan MARA.

Berikut adalah senarai Badan Beruniform, Kelab & Persatuan dan Sukan & Permainan yang ditawarkan di MRSM Tun Mustapha :-